6月18日，埃及大选落幕，但远未尘埃落定。深陷舞弊传闻的穆斯林兄弟会抢先宣布穆尔西胜利当选，前总理沙菲克阵营对此不予承认，并指控对手操纵选民破坏选举。两派争执不休之际，军方宣布收回立法权和财权，并规定总统在重大问题上必须请示军方。分析人士深表担忧，舞弊、党派纷争使埃及经历着变革带来的阵痛，而阵痛引发的乱局则将埃及慢慢推向军人政权的悬崖。 为了回应党派政治和原教旨主义的批评，18日宣布胜选后，穆尔西对外表示所有埃及国民都是他的“家人和朋友”，他保证上台后不会采取复仇和清算政策，所有人都将依法享受平等权利。 虽然军方于18日再次保证会于6月底向民选总统移交权力，但埃及政治偶像、前国际原子能机构主席巴拉迪称，军方收权是埃及改革进程最大的倒退。