台湾行政当局“公平交易委员会”3月10日宣布，由于中华航空、长荣航空两家航空公司在两岸航线机票价格与经济舱比例设定上妨碍公平竞争，影响旅客运输服务市场秩序，因此对两家公司分别处以2000万元新台币和1200万元新台币的罚款，并责令其改正违规行为。

两岸直航航线开通后，虽然班次增加、航程缩减，但票价却未予调降，引起台湾民众不满。在舆论压力与主管部门的协调下，华航、长荣及复兴航空于2010年4月起连续多次调降两岸直航票价。但“公平交易委员会”在调查中发现，华航、长荣的降价并未造成两岸航空平均价格的下跌，且两家公司的营收有逐期增加的现象。

2010年，华航、长荣在台湾民航业的两岸直航市场占有率分别达到29.2%和20.6%，合计已接近市场份额的一半。“公平会”指出，两家公司的上述行为已大幅限制机票售价的竞争空间，有违公平原则，严重损害消费者权益。