质疑1：为什么前车反而追尾后车？在列车时刻表上，D301应该先于D3115十五分钟进温州南站，而实际情况相反D3115被D301追尾了。D301究竟为何晚点，目前的遭雷击的说法存疑。质疑2：为何系统未能防止追尾？ 在事故中的两个型号的车均采用了列车控制设备，即列车遇到任何危险，系统自动切断电源，使列车停止运行。而且在正常或非正常情况下的制动距离都能满足后续列车安全停车的目的。为何当晚两车的系统都存在问题？

质疑3：“雷击说”站得住脚吗？ 中国的动车号称是全天候的。既然是全天候，也就是说除了地震、海啸外，像雷电、风雨等气象情况都应在防范范围内。为何次事故中全天候的号称世界一流的动车经不起考验。

质疑4：调度为什么没起作用？ 甬温线铁路全程属于上海铁路局管辖，所有行驶在这条线上的列车调度都由上海铁路局负责。而在列车调度那里，所有列车的当前运行情况都会实时显示出来。为何统一调度中心的同线列车会出现追尾事故？

质疑5：掩埋破损车厢是为了毁尸灭迹？ 在救援工作并未完全结束的情况下，为什么要掩埋破损车厢，难道不会造成幸存者被活埋吗？幸存的女孩项炜伊获救似乎更加佐证了上述观点。