刚入伙三个月的香港政府总部及立法会大楼，被发现有9个抽水样本证实有军团杆菌。港府大为紧张，立即加强消毒清洗工作。

军团杆菌，因其能够引发较严重的肺部或呼吸道感染也被称为嗜肺军团菌。据悉，被发现军团杆菌的地方有特首办、财经事务及库务局局长、劳工及福利局局长、公务员事务局局长、运输及房屋局长和保安局局长的私人洗手间，以及立法会宴会厅、政府总部一楼餐厅以及平台咖啡厅的水龙头等。

1月3日，多名议员助理致函立法会主席曾钰成，指不少助理近月都出现过军团症的病征，包括发烧、腹泻。而过去三个月，大楼内外大小工程不断，员工要忍受大量灰尘及天拿水等化学物品气味。他们要求当局确保议员助理在安全环境下工作。

多名受影响的高官包括特首曾荫权及5名局长日前如常上班，坦言不担心细菌蔓延。而为了应付立法会综合大楼消毒清洗工作，立法会在茶水房准备了多樽装水，并呼吁议员及职员要使用饮水机，切勿煮水饮用。

香港卫生防护中心总监曾浩辉说，当局在2011年12月29至30日期间，在政府总部及立法会大楼抽取水样本化验，得出上述结果。他说，考虑到在政府总部上班的职员有忧虑，已设立热线接受查询。而为了让职员安心，待消毒工作完成后，会再取水样本，检查情况是否有改善。

曾浩辉以“很重视”来形容这事件，但坦言香港较少这方面经验，因此只能当是一件“佷特别”事件处理。他说，现时香港最重要是尽力做好消毒清洗工作，将风险减至最低。

他同时呼吁港人无须过份担心。他解释，以清洁标准来说，每毫升水不应超过0.1至1单位的退伍军人症杆菌，该菌会自然存于水中，香港曾有调查发现，有10%的水龙头存有这类细菌。

早前，67岁、患有肾衰竭的教育局局长孙明扬因急病入院，被确诊染上军团杆菌后，当局立即对整群政府大楼进行全面检验，结果发现大楼有多处布满这类杆菌。孙明扬已向当局申请延长病假，至1月9日恢复上班。

工联会立法会议员王国兴表示，对事件感到十分遗憾，强调是一宗极大的丑闻，质疑为何新的政府总部，竟然成为军团杆菌滋生的源头。

公民党立法会议员陈淑庄则称，在搬入新大楼后，已先后发生鼠患、电子门锁失灵等事件，显然是特首曾荫权要求在去年10月在新大楼内宣读施政报告，迫使工人加班赶工所致。